La historia de este museo comienza en Pekín en 1925, mucho antes de que alguien imaginara un edificio en Shilin. El museo se restableció aquí, en Taipéi, en 1965. El trayecto entre esas dos fechas es uno de los capítulos más dramáticos de la historia de los museos. Un primer envío de 772 cajas salió de los muelles de Xiaguan, en Nankín, a bordo del barco Zhongding. Lo acompañaron nueve escoltas, entre ellos Li Ji, Zhuang Yan y Tan Danjiong. Las cajas llegaron al puerto de Keelung el 26 de diciembre y, a la mañana siguiente, fueron cargadas en un tren hacia un almacén en Yangmei. Un segundo envío de 3.502 cajas siguió en el barco Haihu, acompañado por doce personas, entre ellas Na Zhiliang, Wu Yuzhang, Liang Tingwei, Chang Bide, Li Lin-ts'an y Suo Yuming. El 9 de enero de 1949, las cajas pasaron a dos almacenes de la fábrica de azúcar en Taichung, cerca de la calle Zhenxing. Hoy el museo custodia alrededor del 22 por ciento de las cajas enviadas originalmente al sur desde la Ciudad Prohibida, 2.972 de un total de 13.491. Si se suman las 852 cajas del Museo Central Nacional, se llega a una colección de 608.985 reliquias culturales.