A lo largo de los siglos, este edificio ha desempeñado muchos papeles. Ha sido tribunal, capilla, farmacia, un retiro de tipo monástico, un oratorio rural y una vivienda. Las reliquias de los santos Cosme y Damián, patronos de Alberobello, se guardaron en otro tiempo aquí, y en la década de 1820 la Cofradía del Santísimo Sacramento tuvo su oratorio entre estos muros. Su protección comenzó pronto. El Trullo Sovrano fue declarado monumento nacional en 1923, cinco años antes de que el barrio Rione Monti recibiera ese mismo reconocimiento en 1928. El 7 de diciembre de 1996, junto con los Trulli de Alberobello, ingresó en la lista del Patrimonio Mundial de la UNESCO. La UNESCO lo destaca como uno de los cuatro lugares concretos del conjunto, un raro ejemplo de edificio de dos plantas. En 2015, un decreto ministerial también lo incluyó en la lista de lugares de particular interés histórico y artístico. Hoy el Trullo Sovrano es de propiedad privada. Fue restaurado en 1993 y se utiliza para exposiciones temporales y encuentros culturales. El Ministerio de Cultura señala que su interior está amueblado con gusto de época, reconstruido a partir de los recuerdos de los habitantes más ancianos de Alberobello. En verano ha acogido teatro, pequeñas orquestas, jazz y veladas de poesía.