Un puente que ha permanecido en pie durante siglos acumula una larga lista de situaciones críticas. En 1848, durante los días revolucionarios, el puente escapó sin daños de un cañoneo, aunque algunas estatuas resultaron dañadas. En 1866 se instalaron farolas de gas de estilo pseudogótico sobre la balaustrada, que más tarde fueron sustituidas por iluminación eléctrica. En la década de 1870 cruzó por él la primera línea regular de transporte público, un ómnibus, que luego fue reemplazado por un tranvía de tracción animal. Las torres del puente fueron objeto de una reconstrucción exhaustiva entre 1874 y 1883. Después, del 2 al 5 de septiembre de 1890, otra desastrosa inundación azotó Praga y dañó gravemente el puente. Las estatuas también han tenido sus propios peligros. El 3 de noviembre de 1918, una multitud destruyó la Columna Mariana de la Plaza de la Ciudad Vieja. Según los relatos, después pretendía dirigirse al Puente de Carlos y arrojar sus estatuas al río. El escultor francés Antoine Bourdelle, de visita a finales del siglo XIX, calificó el puente de un revoltijo arquitectónico de estilos gótico y barroco. Hoy el puente se encuentra en mitad de un proceso de veinte años de inspección estructural, restauración y reparación que comenzó a finales de 2019, con un coste previsto de entre 45 y 60 millones de coronas checas, unos 1,9 a 2,6 millones de dólares estadounidenses.