Die Geschichte dieses Museums beginnt 1925 in Peking, lange bevor jemand an ein Gebäude in Shilin dachte. Das Museum wurde 1965 hier in Taipeh wiedergegründet. Die Reise zwischen diesen beiden Daten ist eines der dramatischsten Kapitel der Museumsgeschichte. Eine erste Sendung mit 772 Kisten verließ die Hafenanlagen von Xiaguan in Nanjing an Bord des Schiffs Zhongding. Neun Begleiter, darunter Li Ji, Zhuang Yan und Tan Danjiong, reisten mit. Die Kisten erreichten den Hafen von Keelung am 26. Dezember, und am nächsten Morgen wurden sie auf einen Zug zu einem Lager in Yangmei verladen. Eine zweite Sendung mit 3.502 Kisten folgte auf dem Schiff Haihu, begleitet von zwölf Personen, unter ihnen Na Zhiliang, Wu Yuzhang, Liang Tingwei, Chang Bide, Li Lin-ts'an und Suo Yuming. Am 9. Januar 1949 gelangten die Kisten weiter in zwei Lagerhäuser der Zuckerfabrik in Taichung, nahe der Zhenxing-Straße. Heute besitzt das Museum etwa 22 Prozent der Kisten, die ursprünglich aus der Verbotenen Stadt in den Süden geschickt wurden, nämlich 2.972 von 13.491. Addiert man 852 Kisten aus dem Nationalen Zentralmuseum, ergibt sich eine Sammlung von 608.985 Kulturgütern.