Die Geschichte der Sammlungen beginnt mit der Universität selbst. Die Hokkaido-Universität wurde 1876 als Landwirtschaftliches College Sapporo gegründet. Später wurde sie zum Landwirtschaftlichen College der Tohoku-Kaiserlichen Universität, dann zur Kaiserlichen Universität Hokkaido, und seit 1947 ist sie die Hokkaido-Universität, die Institution, die Sie heute sehen. Während der Collegezeit übernahm die Universität 1884 ein botanisches Gartenmuseum, das zuvor vom Kaitakushi, der Kolonisierungskommission, betrieben wurde. Dies war das erste Museum der Universität. Es gehört weiterhin zur Universität, ist aber heute einem eigenen Forschungszentrum unterstellt und nicht diesem Museum. Das Museum, das Sie besuchen, wurde 1999 eröffnet. Es betreut rund 4 Millionen Objekte, die im Laufe der ersten eineinhalb Jahrhunderte der Universität gesammelt wurden, darunter 13.000 Typusexemplare. Dies sind die Referenzexemplare, auf deren Grundlage Wissenschaftler die offizielle Beschreibung einer Art erstellen, weshalb sie für die Forschung besonders wertvoll sind. Das Museum ist seitdem gewachsen. 2007 wurde das Fischereiwissenschaftliche Museum, eine Ausstellungseinrichtung der Fischereifakultät, die 1958 eröffnet wurde, zu einem Nebengebäude. Im April 2015 schloss das Hauptmuseum für eine seismische Nachrüstung und Innenarbeiten, und es wurde 2016 zum 140. Jubiläum der Universität mit fast doppelt so viel Ausstellungsfläche wiedereröffnet.