A história deste museu começa em Pequim, em 1925, muito antes de alguém imaginar um prédio em Shilin. O museu foi restabelecido aqui, em Taipei, em 1965. O percurso entre essas duas datas é um dos capítulos mais dramáticos da história dos museus. Um primeiro carregamento de 772 caixotes saiu das docas de Xiaguan, em Nanjing, a bordo do navio Zhongding. Nove escoltas, entre eles Li Ji, Zhuang Yan e Tan Danjiong, acompanharam a carga. Os caixotes chegaram ao porto de Keelung em 26 de dezembro e, na manhã seguinte, foram carregados em um trem até um armazém em Yangmei. Um segundo carregamento, de 3.502 caixotes, seguiu no navio Haihu, acompanhado por doze pessoas, entre elas Na Zhiliang, Wu Yuzhang, Liang Tingwei, Chang Bide, Li Lin-ts'an e Suo Yuming. Em 9 de janeiro de 1949, os caixotes foram levados para dois armazéns da fábrica de açúcar em Taichung, perto da Rua Zhenxing. Hoje, o museu guarda cerca de 22% dos caixotes originalmente enviados ao sul a partir da Cidade Proibida, 2.972 de 13.491. Somando os 852 caixotes do Museu Central Nacional, chega-se a uma coleção de 608.985 relíquias culturais.