Embora muitos nobres de alto escalão tenham sido mantidos aqui, o residente mais famoso do castelo foi, sem dúvida, Maria Stuart. Ela chegou em junho de 1567 após sua rendição na Batalha de Carberry Hill. Sua permanência de onze meses foi marcada por profunda tragédia e drama intenso. Enquanto confinada dentro destas paredes de pedra, ela sofreu um aborto espontâneo de gêmeos e foi forçada sob coação a assinar seus papéis de abdicação, passando o trono para seu filho ainda bebê, Jaime VI. Apesar de sua dor, o carisma lendário de Maria nunca desapareceu. Ela conseguiu encantar membros da própria família que a mantinha cativa, incluindo George Douglas e um jovem pajem chamado Willie Douglas. Na noite de 2 de maio de 1568, durante um jantar festivo onde os guardas estavam distraídos, Willie conseguiu roubar as chaves do castelo. Maria fugiu da ilha vestida como uma serva e foi remada pelas águas escuras em direção à liberdade. Foi uma das fugas mais ousadas da história real escocesa, embora sua liberdade, infelizmente, tenha durado pouco.