Um zoológico é uma história tanto de pessoas quanto de animais. O primeiro diretor, de abril de 1901 a maio de 1907, foi Ishikawa Chiyomatsu, um cientista de peixes. Naquela época, o zoológico era uma instalação anexa ao Museu Imperial, e Ishikawa dedicou seu talento à importação de animais do exterior. Ele foi seguido por Kurokawa Yoshitaro, que dirigiu o zoológico de junho de 1907 a janeiro de 1933. Após sua aposentadoria, Koga Tadamichi assumiu o cargo. Esses longos mandatos deram continuidade ao zoológico ao longo de décadas de mudanças. Outro nome que vale conhecer é Nishiyama Toshio, um tratador de hipopótamos que mais tarde se tornou o primeiro diretor do Zoológico Tobu. Ele ficou famoso como o Diretor Hipopótamo. A reputação do zoológico também ultrapassou fronteiras. Em 2016, Ueno e o zoológico de Hsinchu, em Taiwan, cada um descrito como o zoológico mais antigo de seu país, concordaram em cooperar em questões como o treinamento de equipes. E, em dezembro de 2017, um filhote de panda-gigante chamado Xiang Xiang foi apresentado à imprensa aqui, atraindo multidões de todo o Japão.