Até o fim de março de 2020, o acervo próprio do museu somava 1.911 itens, incluindo 13 Tesouros Nacionais e 114 Bens Culturais Importantes. O museu também cuidava de 1.974 obras em depósito, entre elas 52 Tesouros Nacionais e 306 Bens Culturais Importantes. Entre as obras mais conhecidas do museu estão o Kannon de Onze Faces pintado em seda e o Rolo do Inferno, chamado Jigoku Zoshi. Todo outono, o museu realiza sua Exposição Shosoin, apresentando itens do depósito imperial da época Nara, no Templo Todaiji. A ligação vem de longa data. Em 1931, o museu realizou uma exposição dos fragmentos têxteis do Shosoin, para mostrar os resultados do trabalho de restauração. Seu Salão de Escultura Budista de Nara, reaberto em 2010 no Edifício Principal, oferece uma forma de conhecer a longa história de Nara como capital por meio da escultura. O museu não é apenas um lugar de exibição. O Centro de Conservação, inaugurado em 2002, existe para resgatar, examinar, documentar, conservar e restaurar Tesouros Nacionais e outros bens culturais importantes. Restauradores especializados em esculturas, pinturas e textos antigos trabalham ali, e especialistas orientam as pessoas que são proprietárias e cuidam de bens culturais. De certa forma, isso continua a missão de resgate que começou em 1895.