La storia delle collezioni inizia con l'università stessa. L'Università di Hokkaido nacque nel 1876 come Collegio Agrario di Sapporo. Divenne poi il Collegio di Agraria dell'Università Imperiale di Tohoku, quindi l'Università Imperiale di Hokkaido, e dal 1947 è l'Università di Hokkaido che si vede oggi. Nel 1884, durante gli anni del collegio, l'università rilevò un museo-orto botanico che in precedenza era gestito dal Kaitakushi, la commissione per la colonizzazione. Fu il primo museo dell'università. Esso fa ancora parte dell'ateneo, ma oggi dipende da un centro di ricerca separato e non da questo museo. Il museo che state visitando aprì nel 1999. Custodisce circa 4 milioni di oggetti raccolti nel corso dei primi centocinquant'anni dell'università, inclusi 13.000 esemplari tipo. Si tratta di esemplari di riferimento su cui gli scienziati basano la descrizione ufficiale di una specie, il che li rende particolarmente preziosi per i ricercatori. Il museo è cresciuto da allora. Nel 2007 il Museo delle Scienze della Pesca, una struttura espositiva della facoltà di pesca aperta nel 1958, divenne una dependance. Nell'aprile 2015 il museo principale chiuse per il consolidamento antisismico e lavori interni, e riaprì nel 2016, nel 140° anniversario dell'università, con uno spazio espositivo quasi raddoppiato.