Todo museu tem uma história de fundação, e esta envolveu uma longa busca pelo endereço certo. Em 2017, o Ministério da Cultura de Taiwan começou a planejar um museu nacional de histórias em quadrinhos. Em 2018, a preparação do projeto foi confiada ao Museu Nacional de História de Taiwan, e, em agosto de 2020, foi formada uma equipe preparatória para organizar eventos e começar a reunir um futuro acervo. O primeiro plano previa a construção no Parque Econômico e Comercial de Shuinan, em Taichung. Em 13 de maio de 2020, o ministério anunciou que esse plano havia fracassado, porque as duas partes não conseguiram chegar a um acordo sobre como organizar o espaço. A cidade ofereceu outros sete locais possíveis, e um comitê de estudiosos em histórias em quadrinhos e planejamento espacial foi convidado para avaliá-los. Em outubro de 2020, o ministério escolheu como base um antigo escritório de uma companhia açucareira e um conjunto de armazéns ferroviários. Depois, o plano mudou novamente. Em 1º de abril de 2023, o complexo da Prisão de Taichung foi confirmado como sede do museu, com o Ministério da Cultura arcando com o custo. O terreno e os edifícios, com 2,75 hectares no total, foram transferidos ao ministério sem custo entre junho e agosto. A reforma começou em setembro, e o escritório preparatório foi fundado em 20 de outubro.
