Em agosto de 1998, o museu fechou para uma grande reforma e marcou o momento com uma cerimônia de encerramento construída em torno de um evento de explosão do artista Cai Guo-Qiang, intitulado Nada Destruído, Nada Construído. Pouco mais de um ano depois, em 21 de setembro de 1999, o grande terremoto danificou o prédio principal e obrigou o museu a fechar novamente. Capítulos mais recentes falam de crescimento. Em setembro de 2018, a ministra da Cultura assinou uma carta de intenções com o presidente do Museu Shun Tien, na Califórnia. O presidente disse que a doação realizaria o desejo de seu pai, Hsu Hung-yuan, fundador da empresa farmacêutica Shuntien. Ela trouxe ao museu, sem custo, uma coleção de 652 pinturas, e a coleção completa chegou em agosto de 2019. O acervo inclui obras de grandes nomes da pintura taiwanesa moderna, entre eles Li Mei-shu, Liao Chi-chun, Chen Cheng-po, Yang San-lang, Kuo Hsueh-hu, Lin Chih-chu, Yen Shui-long, Li Shih-chiao e Chen Chin. O museu pretendia exibir essas obras no vizinho Salão da Prefeitura de Taichung, um monumento nacional separado, mas esse plano foi cancelado em fevereiro de 2020, e o Ministério da Cultura passou a procurar outro espaço dedicado à história da arte de Taiwan.