Atravesse a Estrada Xitun e você chegará ao jardim botânico do museu. Ele fica em um terreno que já foi reservado como Parque Número Cinquenta e Quatro. Em 1999, o Governo Municipal de Taichung pediu ao museu que planejasse e construísse o jardim, aproveitando a experiência e a abordagem educacional da instituição. O jardim foi inaugurado em 23 de julho daquele ano. Ele cobre cerca de 4 hectares e meio e se concentra na ecologia das terras baixas e na floresta tropical de Taiwan. Oito zonas apresentam paisagens representativas: uma área de recife de coral elevado, uma área da Ilha Orquídea, uma floresta costeira, uma área de cycas de Taitung, áreas de terras baixas do norte, do centro e do sul, e uma floresta tropical de monção. Contando as estufas, o jardim abriga mais de oitocentas espécies de plantas, incluindo árvores nativas, arbustos, ervas e samambaias. O trabalho do museu também vai além da cidade. O Museu do Terremoto 921 de Taiwan, em Wufeng, o Parque de Aves e Ecologia do Vale Fenghuang, no Condado de Nantou, e o Parque de Preservação da Falha Chelungpu, no Município de Zhushan, funcionam todos como centros filiais do museu. O local de Wufeng foi criado após o grande terremoto de 21 de setembro de 1999, em terrenos de uma escola danificada pelo sismo. O parque de aves tem 30 hectares.