A história começa em 1989, ano em que o imperador Showa faleceu. Naquele mês de junho, sua família, composta por Akihito e pela imperatriz viúva Kojun, doou um conjunto de obras de arte ao Estado. Eram tesouros que haviam sido transmitidos dentro da casa imperial por gerações. A nação precisava de um lugar para preservá-los, estudá-los e apresentá-los ao público. A resposta foi um museu construído dentro dos Jardins Orientais do Palácio Imperial. A construção foi concluída em setembro de 1992, e as portas se abriram para os visitantes em 3 de novembro de 1993. Novas doações se seguiram ao longo dos anos, incluindo peças das casas do príncipe Chichibu, do príncipe Takamatsu e do príncipe Mikasa, além de peças da imperatriz viúva. O nome também carrega sua própria história. Sannomaru significa o terceiro recinto do antigo Castelo de Edo, onde o museu está localizado. Shozo significa guardar com grande cuidado. Ele ecoa um antigo título, o chefe do órgão que cuidava de objetos ligados ao imperador nos primeiros códigos de leis. Assim, o nome é, literalmente, uma promessa de valorizar o que existe em seu interior.