Ogni grande chiesa ha una storia delle origini, e questa inizia con l'acqua. Dove il fiume Amstel scorreva verso il fiume IJ, depositava sedimenti argillosi che formavano basse alture, chiamate argini naturali. Nel XIII secolo, i primi abitanti di Amsterdam costruirono una piccola cappella di legno su una di queste alture, e lo stesso luogo serviva anche da cimitero. La data esatta della prima cappella è tramandata in due versioni. Secondo una fonte, una cappella di legno sorgeva qui già intorno al 1213. Secondo un'altra, una piccola cappella lignea fu collocata sul sito intorno al 1250. In ogni caso, si trattava di un inizio modesto. Nella seconda metà del XIII secolo il legno lasciò il posto a una chiesa-sala in pietra. Dopo il 1300, gli abitanti di Amsterdam costruirono una più grande chiesa-sala gotica a tre navate, con le navate laterali strette ma alte quanto quella centrale, e un piccolo coro rettangolare. L'edificio divenne la chiesa di San Nicola il 17 settembre 1306, quando il vescovo di Utrecht la consacrò al santo patrono dei marinai. Per una città che cresceva lungo un fiume e commerciava via acqua, era una scelta appropriata. Sotto il pavimento si nasconde una storia ancora più antica. Nel 1963, i ricercatori trovarono una tomba con i resti di un giovane vissuto più o meno tra il 1150 e il 1215, probabilmente uno dei primi abitanti di Amsterdam.