Questa chiesa è un voto di pietra. Nel 1630 una terribile peste colpì Venezia e uccise gran parte della popolazione tra il 1630 e il 1631. Le esposizioni del Santissimo Sacramento, le preghiere e le processioni verso le chiese dedicate a San Rocco e a San Lorenzo Giustiniani non erano riuscite a fermare l'epidemia. Così, il 22 ottobre 1630, il Senato veneziano decretò la costruzione di una nuova chiesa, dedicata alla Vergine, in ringraziamento per la liberazione. Venezia aveva già fatto qualcosa di simile. Dopo una precedente epidemia di peste nel 1575 e 1576, la città commissionò a Palladio il progetto della chiesa del Redentore. La Salute segue quella tradizione, ma su una scala ancora più grandiosa. Anche il sito non era di poco conto. Per fare spazio fu demolito un complesso religioso soppresso: la chiesa della Santissima Trinità, con il suo convento e la scuola, accanto all'antica dogana di mare sulla punta. Edificare su quel terreno richiese un gran numero di pali conficcati nel suolo e un'ampia bonifica. Nonostante ciò, il primo pellegrinaggio di ringraziamento ebbe luogo il 28 novembre 1631, mentre la chiesa stessa stava appena iniziando a sorgere.