Il museo inizia prima della bomba, con la storia del luogo stesso. L'ipocentro dell'esplosione era il distretto di Urakami, che per lungo tempo era stato un sobborgo rurale e piuttosto isolato. Dopo gli anni Venti la situazione cambiò. Il distretto fu scelto come sede di fabbriche di munizioni e la sua popolazione aumentò rapidamente. Una sezione del museo, chiamata Eventi che portarono al bombardamento atomico di Nagasaki, illustra la catena di sviluppi storici alla base dell'attacco e intende presentarli al di fuori dei pregiudizi del presente. L'esposizione più ampia ripercorre anche le guerre che ne formarono lo sfondo, il conflitto tra Giappone e Cina e poi la guerra del Pacifico. Poi arriva il giorno stesso. Alle undici e due minuti del mattino del 9 agosto 1945, la bomba soprannominata Fat Man fu sganciata su Nagasaki. Il suo nome in codice proveniva dagli Stati Uniti, dove Robert Serber lo scelse, ispirandosi a un personaggio interpretato da Sydney Greenstreet nel film Il mistero del falco. Una nube a fungo si elevò fino a circa 45.000 piedi, circa 14.000 metri, sopra la città. Tra le esposizioni è presente un modello di Fat Man, così potete vedere la forma dell'arma che causò tutto questo.