Chaque grande église a une histoire des origines, et celle-ci commence avec l'eau. Là où l'Amstel rejoignait l'IJ, le fleuve déposait des sédiments argileux et formait de petites buttes basses, appelées digues naturelles. Au XIIIe siècle, les premiers habitants d'Amsterdam ont bâti une petite chapelle en bois sur l'une de ces buttes, et ce même lieu servait aussi de cimetière. La date exacte de cette première chapelle est racontée de deux façons. Selon un récit, une chapelle en bois se dressait ici vers 1213. Selon un autre, une petite chapelle en bois occupait l'emplacement vers 1250. Dans les deux cas, c'était un début modeste. Dans la seconde moitié du XIIIe siècle, le bois céda la place à une église-halle en pierre. Après 1300, les habitants d'Amsterdam édifièrent une église-halle gothique plus vaste, à trois nefs, les bas-côtés étroits mais aussi hauts que la nef centrale, et un petit chœur rectangulaire. Le bâtiment devint l'église Saint-Nicolas le 17 septembre 1306, lorsque l'évêque d'Utrecht la consacra au saint patron des marins. Pour une ville qui grandissait au bord d'un fleuve et commerçait par voie d'eau, ce choix était pertinent. Il existe une histoire encore plus ancienne sous le sol. En 1963, des chercheurs découvrirent une tombe contenant les restes d'un jeune homme ayant vécu approximativement entre 1150 et 1215, probablement l'un des tout premiers habitants d'Amsterdam.