Au fil des siècles, ce bâtiment a porté de nombreux chapeaux. Il a été un tribunal, une chapelle, une pharmacie, une retraite de type monastique, un oratoire de campagne et une habitation. Les reliques des saints Côme et Damien, saints patrons d'Alberobello, furent autrefois conservées ici, et dans les années 1820, la Confrérie du Très Saint Sacrement y tint son oratoire. Sa protection commença tôt. Le Trullo Sovrano fut déclaré monument national en 1923, cinq ans avant que le quartier Rione Monti ne reçoive la même reconnaissance en 1928. Le 7 décembre 1996, avec les Trulli d'Alberobello, il entra sur la liste du patrimoine mondial de l'UNESCO. L'UNESCO le distingue comme l'un des quatre sites spécifiques du bien, rare exemple de bâtiment à deux niveaux. En 2015, un décret ministériel l'a également inscrit sur la liste des sites d'intérêt historique et artistique particulier. Aujourd'hui, le Trullo Sovrano est de propriété privée. Il a été restauré en 1993 et accueille des expositions temporaires et des rencontres culturelles. Le ministère de la Culture indique que son intérieur est meublé dans le goût de l'époque, reconstitué à partir des souvenirs des plus anciens habitants d'Alberobello. En été, il a accueilli du théâtre, de petits orchestres, du jazz et des soirées de poésie.