Die Moschee ist nach einem Mann benannt, der im vierzehnten Jahrhundert aus Buchara hierher kam: Seyyid Schamsuddin Muhammad, besser bekannt als Emir Sultan. Er war ein verehrter Derwisch und Gelehrter, der die Abstammung vom Propheten Muhammad beanspruchte. Er wurde so einflussreich, dass Sultan Bayezid der Erste ihm tatsächlich seine Tochter, Hundi Hatun, zur Frau gab. Emir Sultan wurde oft der Sultan der Herzen genannt, weil die Menschen glaubten, er besäße eine spirituelle Autorität, die sogar die politische Macht der regierenden Sultane übertraf. Es war seine Frau, Hundi Hatun, die nach seinem Tod im Jahr 1429 die ursprüngliche Moschee und das Mausoleum in Auftrag gab. Heute ist sein Grabmal das spirituelle Herzstück dieser Anlage, und Sie werden oft Besucher aus dem ganzen Land sehen, die hierher kommen, um ihm die Ehre zu erweisen und um Segen zu bitten.