Ein Zoo ist ebenso eine Geschichte von Menschen wie von Tieren. Der erste Direktor, von April 1901 bis Mai 1907, war Ishikawa Chiyomatsu, ein Fischwissenschaftler. Damals war der Zoo eine angegliederte Einrichtung des Kaiserlichen Museums, und Ishikawa setzte sein Talent dafür ein, Tiere aus Übersee zu importieren. Ihm folgte Kurokawa Yoshitaro, der von Juni 1907 bis Januar 1933 den Zoo leitete. Nach seinem Ruhestand übernahm Koga Tadamichi das Amt. Diese langen Amtszeiten gaben dem Zoo über Jahrzehnte des Wandels Kontinuität. Ein weiterer Name, den man kennen sollte, ist Nishiyama Toshio, ein Flusspferdpfleger, der später der erste Direktor des Tobu-Zoos wurde. Er wurde als Flusspferd-Direktor berühmt. Der Ruf des Zoos hat sich auch über die Landesgrenzen hinaus verbreitet. Im Jahr 2016 vereinbarten Ueno und der Zoo in Hsinchu, Taiwan, die jeweils als ältester Zoo ihres Landes beschrieben werden, eine Zusammenarbeit, etwa bei der Ausbildung des Personals. Und im Dezember 2017 wurde hier einem Jungen Großen Panda namens Xiang Xiang der Presse vorgestellt, was Menschenmassen aus ganz Japan anzog.