No interior, deixe seu olhar percorrer as absides. Na abside do antigo santuário de São Justo, você verá um mosaico do início do século XIII. Ele mostra Cristo Pantocrator entre São Justo e São Servolo. Sob os mosaicos, por volta de 1230, afrescos narravam a paixão de São Justo em um estilo bastante popular e simples. Entre os outros afrescos originais, o Ciclo de São Justo, em cinco elementos, está exposto em uma capela lateral. Ao lado dele há uma pequena abside dedicada a São Apolinário, decorada com afrescos românicos sobre a vida do santo. A abside principal é bem mais recente. Foi revestida com mosaico em 1932 pelo artista veneziano Guido Cadorin, que representou a Coroação da Virgem e Santos. Uma inscrição latina no arco afirma que a cidade de Trieste a doou no décimo quarto aniversário da vitória de 4 de novembro de 1918. Há também o tesouro, guardado atrás de uma grade barroca. Entre os objetos estão a urna-relicário de São Justo, do século XIII, e o crucifixo dos Battuti, também do século XIII. Existe ainda a alabarda de São Sérgio, que se tornou um emblema de Trieste. Segundo a lenda, ela caiu milagrosamente no fórum da cidade em 8 de outubro do ano 303, quando o santo soldado foi martirizado na Síria. Trata-se de uma lenda, não de história documentada. O tesouro foi saqueado em 1984, e os estudiosos têm opiniões divergentes sobre a origem de vários objetos.