Para entender verdadeiramente a grandiosidade deste palácio, você precisa descer. As subestruturas, ou porões do palácio, são um espelho exato da planta dos apartamentos imperiais que existiam no andar de cima. Como os quartos superiores foram modificados ao longo dos séculos, estas câmeras subterrâneas são o melhor exemplo preservado da arquitetura residencial romana da Antiguidade Tardia. Durante séculos, estes espaços foram usados para armazenar alimentos e vinho, e até como depósito de lixo, o que ironicamente ajudou a preservá-los até o teto. Mais recentemente, este cenário sombrio e majestoso ganhou fama mundial ao servir de locação para a série Game of Thrones, sendo o lugar onde os dragões da rainha Daenerys Targaryen eram mantidos presos. Uma dica prática: as áreas leste das subestruturas são abertas e funcionam como um mercado de artesanato, enquanto a seção oeste, mais preservada, requer o pagamento de uma taxa de entrada para exploração detalhada.