En agosto de 1998 el museo cerró para una gran renovación y marcó el momento con una ceremonia de clausura construida en torno a un evento de explosiones del artista Cai Guo-Qiang, titulado Nada destruido, nada construido. Poco más de un año después, el 21 de septiembre de 1999, el gran terremoto dañó el edificio principal y obligó a cerrarlo de nuevo. Los capítulos más recientes tratan de crecimiento. En septiembre de 2018 la ministra de Cultura firmó una carta de intenciones con el presidente del Museo Shun Tien, en California. El presidente explicó que la donación cumpliría el deseo de su padre, Hsu Hung-yuan, fundador de la compañía farmacéutica Shuntien. Se trajeron al museo una colección de 652 pinturas sin coste alguno, y la colección completa llegó en agosto de 2019. La colección incluye obras de figuras destacadas de la pintura taiwanesa moderna, entre ellas Li Mei-shu, Liao Chi-chun, Chen Cheng-po, Yang San-lang, Kuo Hsueh-hu, Lin Chih-chu, Yen Shui-long, Li Shih-chiao y Chen Chin. El museo tenía previsto exhibir estas obras en el cercano Salón de la Prefectura de Taichung, un monumento nacional independiente, pero ese plan se canceló en febrero de 2020, y el Ministerio de Cultura comenzó a buscar otro espacio dedicado a la historia del arte de Taiwán.