Die Geschichte beginnt im Jahr 1989, dem Todesjahr von Kaiser Showa. Im Juni jenes Jahres schenkte seine Familie, nämlich Akihito und die Kaiserinwitwe Kojun, dem Staat eine Reihe von Kunstwerken. Es handelte sich um Schätze, die innerhalb des Kaiserhauses über Generationen weitergegeben worden waren. Die Nation brauchte nun einen Ort, um sie zu bewahren, zu erforschen und der Öffentlichkeit zu zeigen. Die Antwort war ein Museum, das innerhalb der Ostgärten des Kaiserpalastes errichtet wurde. Der Bau wurde im September 1992 abgeschlossen, und die Türen öffneten sich für Besucher am 3. November 1993. In den folgenden Jahren kamen weitere Schenkungen hinzu, darunter Stücke aus den Haushalten von Prinz Chichibu, Prinz Takamatsu und Prinz Mikasa sowie von der Kaiserinwitwe. Auch der Name trägt eine eigene Geschichte. Sannomaru bedeutet die dritte Einfriedung der alten Burg Edo, auf der das Museum steht. Shozo bedeutet, mit großer Sorgfalt zu bewahren. Es erinnert an einen alten Titel, den Leiter der Behörde, die in den frühen Gesetzbüchern für Gegenstände zuständig war, die mit dem Kaiser verbunden waren. Der Name ist also wortwörtlich ein Versprechen, das zu schätzen, was darin verwahrt wird.