Ao longo dos séculos, este edifício teve muitos papéis. Foi tribunal, capela, farmácia, um refúgio semelhante a um mosteiro, um oratório rural e uma casa. As relíquias dos santos Cosme e Damião, padroeiros de Alberobello, já foram guardadas aqui, e, na década de 1820, a Confraria do Santíssimo Sacramento mantinha seu oratório entre estas paredes. Sua proteção começou cedo. O Trullo Sovrano foi declarado monumento nacional em 1923, cinco anos antes de o bairro Rione Monti receber o mesmo reconhecimento, em 1928. Em 7 de dezembro de 1996, junto com os Trulli de Alberobello, entrou na lista do Patrimônio Mundial da UNESCO. A UNESCO o destaca como um dos quatro locais específicos do bem, um raro exemplo de edifício de dois andares. Em 2015, um decreto ministerial também o incluiu na lista de sítios de particular interesse histórico e artístico. Hoje, o Trullo Sovrano é de propriedade privada. Foi restaurado em 1993 e é usado para exposições temporárias e encontros culturais. O Ministério da Cultura observa que seu interior é mobiliado em estilo de época, reconstruído a partir das lembranças dos moradores mais antigos de Alberobello. No verão, já recebeu espetáculos de teatro, pequenas orquestras, jazz e noites de poesia.