Nell'agosto 1998 il museo chiuse per un importante restauro e segnò il momento con una cerimonia di chiusura costruita attorno a un evento esplosivo dell'artista Cai Guo-Qiang, intitolato Nothing Destroyed, Nothing Built. Poco più di un anno dopo, il 21 settembre 1999, il grande terremoto danneggiò l'edificio principale e costrinse il museo a chiudere di nuovo. I capitoli più recenti riguardano la crescita. Nel settembre 2018 il Ministro della Cultura firmò una lettera d'intenti con il presidente dello Shun Tien Museum in California. Il presidente dichiarò che il dono avrebbe realizzato il desiderio di suo padre, Hsu Hung-yuan, fondatore della società farmaceutica Shuntien. Portò al museo una collezione di 652 dipinti a titolo gratuito, e l'intera collezione arrivò nell'agosto 2019. La raccolta include opere di grandi figure della pittura taiwanese moderna, tra cui Li Mei-shu, Liao Chi-chun, Chen Cheng-po, Yang San-lang, Kuo Hsueh-hu, Lin Chih-chu, Yen Shui-long, Li Shih-chiao e Chen Chin. Il museo avrebbe dovuto esporre queste opere presso la vicina Taichung Prefecture Hall, monumento nazionale separato, ma il progetto fu annullato nel febbraio 2020, e il Ministero della Cultura iniziò a cercare un'altra sede dedicata alla storia dell'arte taiwanese.