Un pont qui a traversé les siècles a connu une longue liste de dangers. En 1848, pendant les journées révolutionnaires, le pont échappa indemne à une canonnade, bien que certaines statues aient été endommagées. En 1866, des lampadaires néo-gothiques furent installés sur la balustrade, remplacés plus tard par un éclairage électrique. Dans les années 1870, la première ligne de transport public régulier, un omnibus, traversa le pont, puis fut remplacée par un tramway hippomobile. Les tours du pont firent l'objet d'une reconstruction complète entre 1874 et 1883. Puis, du 2 au 5 septembre 1890, une autre crue désastreuse frappa Prague et endommagea gravement le pont. Les statues ont elles aussi connu leurs propres dangers. Le 3 novembre 1918, une foule détruisit la colonne mariale de la place de la Vieille Ville. Selon les récits, elle avait alors l'intention de se rendre au pont Charles pour jeter ses statues dans le fleuve. Un sculpteur français, Antoine Bourdelle, de passage à la fin du XIXe siècle, qualifia le pont de fouillis architectural mêlant styles gothique et baroque. Aujourd'hui, le pont est au milieu d'un processus de vingt ans d'inspection structurelle, de restauration et de réparation, commencé fin 2019, avec un coût estimé de 45 à 60 millions de couronnes tchèques, soit environ 1,9 à 2,6 million de dollars américains.