Neben der Verteidigung Lissabons diente der Turm auch als Staatsgefängnis. Gegner der politischen Macht wurden hier festgehalten, vor allem während der Regierungszeit von Filipe I. von Portugal, João IV. und José. Dieselben Mauern, die nach feindlichen Schiffen Ausschau hielten, beherbergten auch Menschen, die sich die Krone zum Feind gemacht hatten. Der Turm blieb nie eine abgeschlossene Idee. Im Jahr 1571 riet Francisco de Holanda dem König, die Küstenverteidigung zu verbessern, um die Hauptstadt zu schützen. Solche Vorschläge kamen immer wieder, und im Laufe der Jahrhunderte wurde der Turm weiter befestigt, um eine stärkere Küstenartilleriestellung zu bilden. Außerdem gibt es eine beliebte Geschichte, die Sie vielleicht hören: Der Turm sei mitten im Fluss erbaut worden und stehe heute nahe am Ufer, weil das Erdbeben von 1755 den Tejo umgeleitet habe. Das stimmt nicht. Die portugiesischen Denkmalbehörden geben an, dass er auf einer kleinen Insel nahe dem Ufer errichtet wurde. In jüngerer Zeit wurde ein dreijähriges Projekt ab 1953 unter der Leitung des Landschaftsarchitekten António Viana Barreto durchgeführt, das den Turm in das Ufer einfügte. Im Jahr 1983 war das Gelände Austragungsort einer europäischen Ausstellung zu Kunst, Wissenschaft und Kultur, und der Kreuzgang wurde mit einer durchsichtigen Kunststoffkuppel überdacht. Eine umfassende Restaurierung folgte in den Jahren 1997 und 1998.