Die Geschichte beginnt im Jahr 1713, als Wien, die kaiserliche Residenzstadt, von der letzten großen Pestepidemie heimgesucht wurde, die die Stadt erreichen sollte. Im Oktober dieses Jahres kniete Kaiser Karl VI. im Stephansdom nieder und legte ein Gelübde ab: Sollte die Stadt verschont bleiben, werde er eine Kirche errichten lassen, die seinem Namenspatron Karl Borromäus geweiht ist. Dieser Heilige galt zugleich als Schutzpatron gegen die Pest. Die Epidemie klang 1714 ab, und der Kaiser hielt sein Versprechen. Er schrieb einen Architekturwettbewerb für die neue Kirche aus. Die Bauarbeiten begannen 1715, und die Kirche wurde am 28. Oktober 1737 durch Kardinal Sigismund Graf Kollonitsch geweiht. Insgesamt dauerte der Bau 21 Jahre. Das Geld kam von vielen Seiten. Die Landstände der Erblande und zahlreiche private Spender steuerten bei, ebenso Spanien, die Niederlande, Mailand, Italien und Böhmen. Es war eine Kirche, die von einem weitverzweigten kaiserlichen Netzwerk finanziert wurde und nicht nur von einem einzigen Herrscher. Das Gelübde ist am Bau noch heute zu lesen. Unter dem vorderen Giebelfeld verläuft in goldenen Lettern ein Vers aus Psalm 22, Vers 26: Vota mea reddam in conspectu timentium deum. Er bedeutet: „Ich werde meine Gelübde erfüllen vor denen, die Gott fürchten.“ Das ist das Kennzeichen einer Votivkirche.