Yagul a été construite comme l'eau s'écoule : en descente. Ses principales structures et bâtiments étaient disposés sur différents niveaux, suivant la pente naturelle de la colline du nord au sud. Les archéologues les regroupent généralement en trois zones : le Centre civique, la Forteresse et la Zone résidentielle. Commencez par le cœur civique, qui se trouve au pied de la colline et se distingue par son intégrité. C'était le centre administratif et religieux de Yagul : une grande plate-forme portant un ensemble de bâtiments, généralement disposés autour d'une cour centrale entourée de colonnes et de salles rectangulaires. Dans le complexe palatial, décrit comme une plate-forme artificielle avec six cours entourées de pièces ayant des portes centrales, une pièce contient un trône monolithique, et d'autres abritent des chambres funéraires. En raison de cette série de cours, il est considéré comme le plus grand palais parmi les sites archéologiques de la vallée de Oaxaca, et c'était probablement un lieu de rassemblement pour les dirigeants de la communauté. Plus haut sur la pente, la Zone résidentielle raconte une histoire plus intime. Elle se compose de six ensembles résidentiels avec des entrées très restreintes, leurs pièces encadrant des cours carrées, et les matériaux trouvés dans ces pièces montrent qu'elles étaient utilisées comme habitations. La Forteresse, quant à elle, rappelle que c'était un terrain contesté, à une époque où les disputes pour le contrôle de la région déclenchaient des guerres constantes et poussaient les villes à construire des fortifications.