Dainzú est un établissement zapotèque, et son histoire commence plus tôt que ne l’imaginent beaucoup de visiteurs. Le site a été fondé durant la phase Rosario, vers six cents avant l’ère commune. Cela signifie qu’il précède la fondation de Monte Albán, la grande cité qui allait plus tard dominer cette région. À cette époque ancienne, Dainzú était contemporain d’autres établissements de la vallée d’Oaxaca, comme San José Mogote. Différents récits présentent l’occupation la plus ancienne de manière légèrement différente — l’un suggère qu’elle pourrait remonter à sept cent cinquante avant l’ère commune — alors considérez cette date de fondation comme approximative plutôt qu’exacte. De sa fondation jusqu’à la fin de la période Monte Albán II, vers deux cent cinquante de l’ère commune, l’établissement s’est développé de manière substantielle, et ses bâtiments ont grandi avec lui. La période généralement décrite comme son apogée va d’environ six cents avant l’ère commune à deux cents de l’ère commune, et un récit retrace une longue séquence d’occupation s’étendant jusqu’à douze cents de l’ère commune, même lorsque le centre monumental s’est effacé. Et voici la partie surprenante. Même à son apogée, Dainzú n’a jamais été la capitale. Il fonctionnait comme une communauté de second rang sur les plans économique, politique et religieux, et lorsque Monte Albán a finalement décliné, Dainzú a décliné avec lui.