Commençons par la géographie, car elle explique le nom. Deux sanctuaires se dressent le long de la rivière Kamo, et ensemble ils sont appelés les sanctuaires Kamo. Celui en amont est Kamigamo ; celui en aval — plus bas, shimo — est celui-ci, Shimogamo. Tous deux étaient les divinités tutélaires du clan Kamo, et parce que ce sanctuaire honore la divinité ancestrale du clan, il est formellement connu sous le nom de Kamo Mioya Jinja, le sanctuaire de l'ancêtre vénéré. Cette ascendance conféra à Shimogamo une importance considérable à la naissance de la capitale. Lorsque Heian-kyo fut aménagée à la fin du VIIIe siècle, des prières auraient été offertes ici en premier pour le succès de la nouvelle ville. Bientôt, ce fut le principal sanctuaire de la province de Yamashiro, vénéré comme gardien de la capitale et de la famille impériale, aux côtés de la divinité de Kamigamo en amont. La cour s'attacha au sanctuaire par des institutions — le renouvellement rituel, et la Saio, une princesse impériale qui servait ici comme figure sacrée. Le sanctuaire apparaît dans la littérature de cour, dans Le Dit du Genji et Les Notes de chevet, et après l'ère Meiji, il fut classé au tout premier rang des sanctuaires du pays comme grand sanctuaire soutenu par le gouvernement. Il y a une autre histoire à tenir avec prudence. Un récit dit que la cour divisa délibérément un unique et puissant sanctuaire Kamo en deux, en partie pour réduire la force du clan. C'est une explication largement répétée plutôt qu'un fait prouvé — un rappel que politique et culte sont depuis longtemps mêlés en ce lieu.