L'histoire commence en 1272, la neuvième année de l'ère Bun'ei, lorsque la plus jeune fille de Shinran, Kakushinni, construisit un mausolée pour son père dans le quartier d'Otani, dans les collines de Higashiyama. De ce petit mémorial est né un mouvement. Le nom Hongwanji est entré dans l'usage public vers 1321, et la paire de salles caractéristique du temple a pris forme au fil des générations : à l'époque du septième chef, Zonnyo, une salle du Fondateur à cinq baies se dressait au nord et une salle Amida à trois baies au sud — un agencement qui façonne encore aujourd'hui la façon dont vous découvrez ce lieu. En 1457, le huitième chef, Rennyo, hérita de la lignée du dharma à l'âge de quarante-trois ans et transforma une communauté modeste en une grande communauté. Mais l'ampleur a apporté des conflits. En 1570, le seigneur de guerre Oda Nobunaga se retourna contre le Hongwanji, dont le réseau était devenu une force sociale majeure, et les deux camps se livrèrent la soi-disant guerre d'Ishiyama pendant onze ans. Un règlement survint en 1580. Le onzième chef, Kennyo, quitta la forteresse d'Ishiyama et s'installa à Sagimori dans la province de Kii, puis au temple Gansenji à Kaizuka dans la province d'Izumi, avant que Toyotomi Hideyoshi ne lui accorde des terres à Osaka Tenma. En 1591, la concession de terres templières par Hideyoshi amena la communauté sur ce site. Puis, en 1602, elle se divisa : Kyonyo, soutenu par Tokugawa Ieyasu, établit ce qui devint Higashi-Hongan-ji à l'est. Les noms étaient à l'origine de simples descriptions de position — le temple plus à l'est fut surnommé le temple de l'est, donc celui-ci devint le Hongwanji de l'ouest. Formellement, il s'agit simplement de Hongwanji.