Yagul foi construída como a água corre: colina abaixo. Suas principais estruturas e edifícios foram dispostos em diferentes níveis, seguindo a inclinação natural da colina de norte a sul. Os arqueólogos costumam agrupá-las em três áreas: o Centro Cívico, a Fortaleza e a Zona Residencial. Comece pelo coração cívico, que fica ao pé da colina e se destaca por sua integridade. Este era o centro administrativo e religioso de Yagul: uma grande plataforma que sustentava um grupo de edifícios, tipicamente organizados em torno de um pátio central cercado por colunas e salas retangulares. Dentro do complexo palaciano, descrito como uma plataforma artificial com seis pátios cercados por salas que têm portas centrais, uma sala contém um trono monolítico, e outras abrigam câmaras funerárias. Por causa dessa série de pátios, é considerado o maior palácio entre os sítios arqueológicos do Vale de Oaxaca, e provavelmente era um local de reunião para os líderes da comunidade. Mais acima na encosta, a Zona Residencial conta uma história mais íntima. Ela consiste em seis conjuntos residenciais com entradas muito restritas, suas salas emoldurando pátios quadrados, e materiais encontrados nessas salas mostram que eram usadas como casas. A Fortaleza, por sua vez, é um lembrete de que este era um terreno contestado, em uma era em que disputas pelo controle da região provocavam guerras constantes e impeliam cidades a construir fortificações.