Dainzú é um assentamento zapoteca, e sua história começa antes do que muitos visitantes esperam. O sítio foi fundado durante a fase Rosario, por volta de seiscentos antes da era comum. Isso significa que é anterior à fundação de Monte Albán, a grande cidade que mais tarde dominaria esta região. Naquele momento inicial, Dainzú era contemporânea de outros assentamentos do Vale de Oaxaca, como San José Mogote. Diferentes relatos enquadram a ocupação mais antiga de modo um pouco distinto — um sugere que ela pode remontar a setecentos e cinquenta antes da era comum —, então trate essa data de fundação como aproximada, não exata. Desde sua fundação até o fim do período Monte Albán II, por volta de duzentos e cinquenta da era comum, o assentamento cresceu substancialmente, e seus edifícios cresceram com ele. O período geralmente descrito como seu esplendor vai de aproximadamente seiscentos antes da era comum a duzentos da era comum, e um relato traça uma longa sequência de ocupação que se estende até mil e duzentos da era comum, mesmo quando o centro monumental se apagava. E aqui está a parte surpreendente. Mesmo em seu auge, Dainzú nunca foi a capital. Funcionava como uma comunidade de segundo escalão em termos econômicos, políticos e religiosos, e quando Monte Albán finalmente declinou, Dainzú declinou junto.