Aqui está a história como o santuário a conta. A tradição do santuário sustenta que a fundação ocorreu no ano quatrocentos e cinquenta e oito, quando a divindade Amenotajikarao no Mikoto foi consagrada aqui por ordem imperial. Depois, em mil trezentos e cinquenta e cinco, pessoas locais que veneravam Sugawara no Michizane o convidaram para ser adorado aqui também. Foi assim que o homem conhecido como o deus do aprendizado adquiriu um lar nesta pequena colina em Edo, a cidade que se tornou Tóquio. Em mil quatrocentos e setenta e oito, Ōta Dōkan, o guerreiro associado ao traçado inicial do Castelo de Edo, reconstruiu o santuário. Uma lenda acompanha essa reconstrução. O Edo Meisho Zue, um guia do século XIX dos lugares famosos da cidade, registra que Dōkan encontrou Michizane em um sonho, e que logo depois um homem chegou carregando um retrato que se dizia ser da própria mão de Michizane; impressionado com a semelhança com o rosto que vira no sonho, Dōkan construiu um salão para ele. Considere isso uma lenda, mas observe o que ela lhe diz: este santuário já havia se enraizado profundamente na imaginação da cidade. Então vieram os Tokugawa. Quando Tokugawa Ieyasu entrou no Castelo de Edo em mil quinhentos e noventa, ele tinha particular reverência por este santuário, e em mil quinhentos e noventa e um doou cinco koku de terra na vila de Yushima para financiar seus ritos. Até a separação Meiji entre xintoísmo e budismo, o grande templo Kan'ei-ji em Ueno servia como o bettō, ou templo administrativo, do santuário, com o próximo Kiken-in cuidando dos assuntos práticos. O santuário foi chamado de Santuário Yushima por um longo trecho da história moderna, e mudou seu nome para Yushima Tenmangū no ano dois mil; em dois mil e um foi designado um santuário Beppyo pela Jinja Honchō, a associação de santuários xintoístas. Seu festival anual ocorre em vinte e cinco de maio.