Para entender por que um santuário tão antigo está aqui, você precisa acompanhar duas realocações. A tradição do santuário diz que ele começou no ano 730, quando um clã de descendência Izumo chamado Makanda Omi se estabeleceu na vila de Shibazaki, na província de Musashi, e consagrou a divindade Ōnamuchi no Mikoto como seu deus ancestral. Essa vila ficava perto de onde hoje estão o distrito de Ōtemachi, em Tóquio, e o monte de Taira no Masakado, não aqui. Há também uma história escondida no nome. Esta era uma terra onde o grande santuário de Ise mantinha seus campos de arroz sagrados, chamados kanda, e um santuário foi fundado para proteger aquele terreno e ficou conhecido como Kanda no Miya. Depois vem o conto de um espírito inquieto. A tradição sustenta que estranhas perturbações ocorriam ao redor do monte de Masakado e assustavam os moradores locais, que as entendiam como obra de seu espírito irado. Um monge errante da escola Ji chamado Shinkyō é creditado por acalmar esse espírito, e em 1309 Masakado foi consagrado neste santuário. Séculos depois, com a expansão do Castelo de Edo, o santuário foi movido duas vezes: primeiro para Kanda-dai no início do século XVII, e depois, em 1616, para este local exato, escolhido para guardar o nordeste do castelo, a direção tradicionalmente chamada de portal do demônio. A partir de então, serviu como o santuário tutelar geral de Edo.