Yagul fu costruita come scorre l'acqua: in discesa. Le sue strutture principali e gli edifici erano disposti su diversi livelli, seguendo il pendio naturale della collina da nord a sud. Gli archeologi di solito li raggruppano in tre aree: il Centro Civico, la Fortezza e la Zona Residenziale. Inizia con il cuore civico, che si trova ai piedi della collina e si distingue per la sua integrità. Questo era il centro amministrativo e religioso di Yagul: una grande piattaforma che sostiene un gruppo di edifici, tipicamente disposti attorno a un cortile centrale circondato da colonne e stanze rettangolari. All'interno del complesso palaziale, descritto come una piattaforma artificiale con sei cortili circondati da stanze che hanno ingressi centrali, una stanza contiene un trono monolitico, e altre ospitano camere funerarie. A causa di quella serie di cortili, è considerato il palazzo più grande tra i siti archeologici della Valle di Oaxaca, e probabilmente era un luogo di ritrovo per i leader della comunità. Più in alto lungo il pendio, la Zona Residenziale racconta una storia più intima. È composta da sei complessi residenziali con ingressi molto ristretti, le cui stanze incorniciano cortili quadrati, e i materiali trovati in quelle stanze mostrano che erano usati come abitazioni. La Fortezza, nel frattempo, è un promemoria che questo era terreno conteso, in un'epoca in cui le dispute per il controllo della regione scatenavano guerre continue e spingevano le città a costruire fortificazioni.