Dainzú è un insediamento zapoteco, e la sua storia inizia prima di quanto molti visitatori si aspettino. Il sito fu fondato durante la fase Rosario, intorno al 600 a.C. Ciò significa che precede la fondazione di Monte Albán, la grande città che in seguito avrebbe dominato questa regione. In quel primo momento, Dainzú era contemporaneo di altri insediamenti della Valle di Oaxaca, come San José Mogote. Resoconti diversi inquadrano il più antico insediamento in modo leggermente diverso — uno suggerisce che potrebbe risalire al 750 a.C. — quindi trattate quella data di fondazione come approssimativa, non esatta. Dalla sua fondazione fino alla fine del periodo Monte Albán II, intorno al 250 d.C., l'insediamento crebbe sostanzialmente, e i suoi edifici crebbero con esso. Il periodo solitamente descritto come il suo splendore va all'incirca dal 600 a.C. al 200 d.C., e un resoconto traccia una lunga sequenza di occupazione che si estende fino al 1200 d.C., anche mentre il centro monumentale scompariva. E ecco la parte sorprendente. Anche al suo apice, Dainzú non fu mai la capitale. Funzionava come una comunità di secondo rango in termini economici, politici e religiosi, e quando Monte Albán alla fine declinò, Dainzú declinò insieme ad esso.