Aunque muchos nobles de alto rango estuvieron recluidos aquí, la residente más famosa del castillo fue, sin duda, María Estuardo. Llegó en junio de 1567 tras su rendición en la Batalla de Carberry Hill. Su estancia de once meses estuvo marcada por una profunda tragedia y gran drama. Mientras estaba confinada tras estos muros de piedra, sufrió el aborto de gemelos y fue obligada bajo coacción a firmar sus documentos de abdicación, cediendo el trono a su hijo pequeño, Jacobo VI. A pesar de su dolor, el legendario carisma de María nunca se desvaneció. Logró cautivar a miembros de la propia familia que la mantenía cautiva, incluidos George Douglas y un joven paje llamado Willie Douglas. La noche del dos de mayo de 1568, durante una cena festiva donde los guardias estaban distraídos, Willie logró robar las llaves del castillo. María huyó de la isla disfrazada de sirvienta y fue llevada en bote a través de las oscuras aguas hacia la libertad. Fue uno de los escapes más audaces de la historia real escocesa, aunque su libertad, lamentablemente, sería efímera.