Yagul fue construido como corre el agua: cuesta abajo. Sus principales estructuras y edificios se distribuyeron en diferentes niveles, siguiendo la pendiente natural de la colina de norte a sur. Los arqueólogos suelen agruparlos en tres áreas: el Centro Cívico, la Fortaleza y la Zona Residencial. Comienza con el corazón cívico, que se encuentra al pie de la colina y destaca por su integridad. Este era el centro administrativo y religioso de Yagul: una gran plataforma que sostiene un grupo de edificios, típicamente dispuestos alrededor de un patio central rodeado de columnas y habitaciones rectangulares. Dentro del complejo palaciego, descrito como una plataforma artificial con seis patios rodeados de habitaciones que tienen puertas centrales, una habitación contiene un trono monolítico, y otras albergan cámaras funerarias. Debido a esa variedad de patios, se considera el palacio más grande entre los sitios arqueológicos del Valle de Oaxaca, y probablemente fue un lugar de reunión para los líderes de la comunidad. Más arriba en la pendiente, la Zona Residencial cuenta una historia más íntima. Consiste en seis conjuntos residenciales con entradas muy restringidas, sus habitaciones enmarcan patios cuadrados, y los materiales encontrados en esas habitaciones muestran que se usaban como viviendas. La Fortaleza, mientras tanto, es un recordatorio de que esta era tierra disputada, en una época en que las disputas por el control de la región provocaban guerras constantes e impulsaban a las ciudades a construir fortificaciones.