Dainzú es un asentamiento zapoteco, y su historia comienza antes de lo que muchos visitantes esperan. El sitio se fundó durante la fase Rosario, alrededor del año 600 antes de la era común. Eso significa que es anterior a la fundación de Monte Albán, la gran ciudad que más tarde dominaría esta región. En ese momento temprano, Dainzú era contemporáneo de otros asentamientos del Valle de Oaxaca, como San José Mogote. Distintos relatos enmarcan la ocupación más antigua de manera ligeramente distinta —uno sugiere que podría remontarse al 750 antes de la era común—, así que tome esa fecha de fundación como aproximada, no exacta. Desde su fundación hasta el final del período Monte Albán II, alrededor del año 250 de la era común, el asentamiento creció sustancialmente, y sus edificios crecieron con él. El período que suele describirse como su esplendor abarca aproximadamente del 600 antes de la era común al 200 de la era común, y un relato rastrea una larga secuencia de ocupación que se extiende hasta el 1200 de la era común, incluso mientras el centro monumental se desvanecía. Y aquí viene la parte sorprendente. Incluso en su apogeo, Dainzú nunca fue la capital. Funcionó como una comunidad de segundo rango en términos económicos, políticos y religiosos, y cuando Monte Albán finalmente decayó, Dainzú decayó junto con él.